Заняться вопросами диагностики, профилактики заболеваний, а также лечением больных животных человеку пришлось с момента их приручения и одомашнивания. Диагностика заболеваний у животных проводилась на самом низком, порой знахарском, уровне.
Уже в древние времена люди заметили наличие заразных заболеваний. Диагностика их вначале осуществлялась методами клинических и патологоанатомических исследований. С момента обнаружения Левенгуком микроорганизмов ученые стали подозревать их как причину заразных заболеваний животных и людей. Первым ученым, поставившим на научную основу диагностику заразных (инфекционных) заболеваний был Луи Пастер. Р. Кох (в 1876 году) и Л. Пастер (в 1877 году) впервые получили чистые культуры возбудителя сибирской язвы. Роберт Кох разработал жидкие и плотные (агаровые) питательные среды, аппаратуру для их стерилизации. Некоторые из них используются в диагностических лабораториях и в настоящее время. Он же разработал основные методы приготовления и окраски бактерийных препаратов и их микрофотографирования. Началом диагностических исследований в вирусологии связано с именем русского ученого Д.И. Ивановского, впервые установившего в 1892 году, что мозаичная болезнь табака вызывается особым живым агентом, названным им вирус, что в переводе с латинского означает «яд».
В России первыми бактериологическими лабораториями можно считать Одесскую и Харьковскую, организованные в 1886 году выдающимися русскими учеными И.И. Мечниковым и Л.С. Ценковским. Эти лаборатории выполняли функции диагностических учреждений и одновременно готовили вакцины против сибирской язвы и других инфекций. В последующем в различных губерниях стали организовывать бактериологические кабинеты и бактериологические лаборатории.
На Ставрополье развитие официальных диагностических учреждений шло идентично общегосударственным. В 1894 году на должность заведующего ветеринарной частью Ставропольской губернии был назначен Иосиф Адамович Качинский, окончивший в 1882 году ветеринарное отделение Медико - Хирургической Академии в Петербурге. В 1885 году он защитил диссертацию и получил степень Магистра Ветеринарии. В 1894 году он изучил основы бактериологических исследований на бактериологической станции Харьковского медицинского общества. В 1895 году И. А. Качинский делает « мотивированный доклад ... г. губернатору» о необходимости создания «при ветеринарном отделении бактериологического кабинета», который и был открыт 1 апреля 1896 года. Историческая справедливость обязывает нас считать эту дату днем рождения Ставропольской губернской, затем краевой и ныне межобластной ветеринарной лаборатории. Первоначально в бактериологическом кабинете проводились диагностические исследования на сап, туберкулез, эмфизематозный карбункул. В 1908 году бактериологический кабинет был преобразован в ветеринарно-бактериологическую станцию, которой было поручено выполнять не только диагностические исследования, но и готовить биопрепараты против сибирской язвы, чумы крупного рогатого скота, оспы овец.
Для оказания консультативной и практической помощи по организации производства биопрепаратов в Ставрополь по ходатайству губернатора был командирован ассистент Санкт-Петербургской бактериологической лаборатории МВД С.Н. Вышелесский (в последующем крупный ученый- эпизоотолог, академик). В тяжелые годы гражданской войны он в 1918-1925 годах возглавлял Ставропольскую- на - Кавказе лабораторию, которая в 1925 году была преобразована в Северо-Кавказский ветеринарно- бактериологический институт, где сотрудники занимались не только диагностическими исследованиями, но и производством биопрепаратов (вакцины против оспы птиц, рожи свиней, гипериммунные сыворотки против сибирской язвы, рожи свиней и геморрагической септицемии животных). 14 сентября 1930 года из состава ветбакинститута была выделена в самостоятельную организацию Ставропольская биофабрика, а сам ветбакинститут реорганизован в Северо-Кавказский институт по болезням овец, сотрудники которого выполняли и диагностические исследования. 21 июля 1934 года приказом НКЗ СССР № УВ -612 из института была выделена и создана как самостоятельное диагностическое учреждение - Ворошиловская межрайонная ветбаклаборатория, которая затем в 1944 году стала называться Ставропольской краевой ветбаклабораторией.
С расширением диапазона диагностических исследований не только бактериологического, но и вирусологического, паразитологического, токсикологического, незаразного и других профилей Ставропольская краевая ветбаклаборатория Министерства сельского хозяйства была последовательно переименована в 1998 году в ГУ «Ставропольская краевая ветеринарная лаборатория», в 2002 году в ФГУ «Ставропольская краевая ветеринарная лаборатория», а в 2003 году она реорганизована в ФГУ «Ставропольская межобластная ветеринарная лаборатория» путем присоединения в качестве филиала ФГУ «Пятигорская региональная ветеринарная лаборатория» и практически всех Северо- Кавказских республиканских ветеринарных лабораторий (Дагестанская, Чеченская, Ингушская, Кабардино-Балкарская, Северо-Осетинская, Карачаево-Черкесская, Калмыцкая) на правах оказания консультативной, методической и практической помощи.
На протяжении всего исторического периода лабораторию возглавляли квалифицированные ветеринарные врачи, с большим опытом работы специальности и имеющие опыт организационной работы.
Практически первым заведующим Ворошиловской межрайонной ветбаклабораторией, после выделения ее в 1934 году из состава Северо- кавказского института по болезням овец, был опытнейший ветеринарный врач Красиков Дмитрий Сергеевич. В январе 1941 года он был призван в ряды Красной Армии, был участником Великой Отечественной войны, а после демобилизации из Вооруженных Сил СССР Д.С. Красиков вновь возглавил уже Ставропольскую ветеринарную лабораторию (1950-1955 годы).
В тяжелые годы Великой Отечественной войны (с января 1941 года по май 1943 года) заведующим Ворошиловской межрайонной ветбаклабораторией был Критский Павел Николаевич. Затем его сменил З.М. Берштам (с 29 мая \943 года по 9 января \945 года). С января \945 года по 23 ноября директором Ставропольской ветбаклабораторией был Каменский Сергей Емельянович, затем его сменил Соколов Борис Дмитриевич, проработавший в этой должности с 1945 по 1949 годы. Как уже отмечалось с 1950 по 1955 годы после демобилизации из Советской Армии Ставропольскую краевую ветбаклабораторию вновь возглавлял Д.С.Красиков. С 1955по 1965 годы лабораторией руководил кандидат ветеринарных наук Нефедьев Аркадий Иванович. Под его руководством были созданы походная лаборатория, серологический, бруцеллезный, биохимико-токсилогический, гельминтологический отделы, отделы по борьбе с бруцеллезом, по болезням рыб, введены в штат по одной единице врача - эпизоотолога, химика - радиолога, врача - ихтиолога и две единицы ветврачей - технологов. Таким образом, штатное расписание расширилось с 23 до 56 единиц.
Длительное время (1965-1984годы) Ставропольскую краевую ветеринарно - бактериологическую лабораторию возглавлял ее директор Горбатых Николай Иванович. При нем были созданы радиобиологический и микологический отделы и введены в штат должности бруцеллезного и рыбного экспертов, заведующего баккухней, ветврача лейкозного отдела.
После выхода Н.И.Горбатых на пенсию в течение пяти лет (1984-1989) лабораторию возглавлял Федор Кузьмич Базалей.
С 1989 по 2015 годы Ставропольской межобластной ветлабораторией руководил Фоменко Михаил Васильевич. При нем Ставропольская краевая ветлаборатория через ряд последовательных реорганизаций (см. выше) В 2003 году превратилась в ФГУ «Ставропольская межобластная ветеринарная лаборатория» (CMBЛ), а также претерпела значительную реконструкцию внутренних помещений. Проведен ремонт производственных и подвальных помещений. В 2004 году проведен капитальный ремонт крыши лабораторного корпуса, отремонтированы вскрывочная, автоклавная, отдел питательных сред, моечная.
В 2009 году началось строительство инфекционно - диагностического блока. Строительство инфекционного блока стало возможным благодаря Федеральной адресной инвестиционной программы по укреплению материально технической базы Учреждения.
Для реализации указанной программы в 2007 году, по согласованию с Россельхознадзором Учреждением был заключен контракт с проектной организацией на разработку проектной документации, которая предусматривала путем реконструкции имеющегося здания вивария, разместить в отдельном блоке набор необходимых производственных помещений для проведения патоморфологических, бактериологических, вирусологических, серологических, гематологических, паразитологических, гистологических исследований биоматериалов, постановку биопроб на лабораторных животных, утилизацию биологических отходов и обеззараживания сточных вод и т.д.
С января 2015 года по июль 2016 года Учреждение возглавлял, в прошлом руководитель Управления Федеральной службы по ветеринарному и фитосанитарному надзору по Ставропольскому краю, государственный советник Российской Федерации 2 класса Кузьминов Иван Демьянович.
С 8 июля 2016 года по 7 апреля 2017 года директором лаборатории была Розова Ольга Валерьевна.
С 3 мая 2017 года по 13 ноября 2019 года, обязанности директора ФГБУ "Ставропольская МВЛ" исполнял Марченко Вячеслав Вячеславович.
С 18 ноября 2019 года, по 11 марта 2020 года, директором ФГБУ "Ставропольская МВЛ" являлся Павел Юрьевич Воронин.
С 12 января 2021 года, ФГБУ "Ставропольская межобластная ветеринарная лаборатория" изменила свое наименование на ФГБУ "Северо-Кавказская межрегиональная ветеринарная лаборатория"
